Poprawne japońskie określenie to shinobi-no-mono (忍の者), słowa ninja (忍者) rozpowszechniło się jednak szerzej ze względu na to, iż jest łatwiejsze w wymowie. Pierwsze udokumentowane użycie terminu shinobi, pierwotnie zapisywanego przy pomocy chińskich znaków jako 志能備, pochodzi z VIII wieku. Pojawia się w wierszu Heguri Uji no Iratsume dedykowanym Ōtomo no Yakamochi. Pierwotne znaczenie terminu shinobi to ukraść, zaś mono (wymawiane też jako sha lub ja) oznacza osobę. Słowo ninja zdobyło popularność w kulturze po II wojnie światowej. Główny znak nin (jap. 忍, nin?) składa się z dwóch mniejszych znaków. Górny ha (jap. 刃, ha?) oznacza ostrze natomiast dolny kokoro (jap. 心, kokoro?) oznacza serce lub duch. Razem oznaczają tajemnicę, skrytość i wytrzymałość. Jutsu (jap. 術, Jutsu?) oznacza prawdę i umiejętność. Ninja oznacza więc człowieka wyszkolonego w sztuce bycia niewidocznym, zaś ninjutsu oznacza umiejętność bycia niewidocznym. Inne znane terminy to o-niwaban (お庭番 człowiek w ogrodzie), suppa, rappa, mitsumono, kusa (草 trawa) i Iga-mono (człowiek z Iga).