Techniki, którymi posługują się ninja, zwane ninjutsu (忍術) dzielą się na innin (陰忍) - techniki do działań w ukryciu oraz yōnin (陽忍) - techniki do działań jawnych. Innin przeznaczone są do zadań dywersyjnych na terytorium wroga. Yōnin zaś stosuje się podczas przygotowanych wcześniej pod względem strategicznym ataków. Badania z ostatnich lat wykazały, że ninja byli nie tylko wspólnotą wojowników przestrzegajacych własnych, bardzo rygorystycznych praw, ale i ugrupowaniem charakteryzującym się zarówno obszerną znajomością fauny i flory, jak i ogromną wiedzą z dziedziny chemii